Dahpne in the Brilliant Blue در آینده ای نزدیک اتفاق می افتد که در آن جمعیت باقی مانده در شهرهای زیر آب زندگی می کنند، با آبراه هایی به عنوان خیابان. سال ها پیش، هنگام انجام آزمایش های زیر آب، تمام تماس با سطح قطع شد. با جمعیت انسانی باقی مانده که اکنون در زیر آب زندگی می کنند، انجمن 9 شهر دریای عمیق آخرین امید بشریت را نشان می دهد. Ai Mayuzumi دختر رئیس آزمایشگاه تحقیقاتی است و یک راننده دوچرخه سواری جت آب است. هنگامی که گروه تروریستی Error به شهر حمله می کند، Ai با گروه ضد تروریستی استلناس متشکل از یک تیم کاملاً زن و به رهبری دختری به نام Kei درگیر می شود و درخواست می کند که به آنها بپیوندد. این گروه ابتدا در برابر تلاش‌های او برای پیوستن مقاومت می‌کنند، اما "هدیه" شگفت‌انگیزی که Ai دارد، همراه با روشی که او در هنگام تلاش برای آدم‌ربایی با خودش رفتار می‌کند. در نهایت نظر اعضای Stelnas را تحت تاثیر قرار می دهد.
