داستان بلافاصله پس از وقایع Grisaia no Meikyuu شروع می شود، و Kazami Yuuji به اتهام مشارکت با یک سازمان تروریستی بین المللی، به رهبری هیث اسلو، بازداشت شده است، که توانسته است با یک سلاح جدید کشتار جمعی ویرانگر وارد مرزهای ژاپن شود. . در همین حال، در آکادمی میهاما، دانش‌آموزان باقی‌مانده با کمبود زمان مواجه می‌شوند. به دلیل مشکلات مالی، مدرسه در یک ماه آینده تعطیل می شود. با این حال، در طول سال گذشته، دختران میهاما به لطف مشارکت یووجی، بالاخره شروع به یافتن پاهای خود کردند. آیا آنها واقعاً فقط سر خود را در شن فرو می کنند و اجازه می دهند دنیای اطراف آنها تغییر کند؟ و آیا آنها واقعاً مایلند که اجازه دهند مردی که زندگی آنها را تغییر داد، بدون تلاش برای بازگرداندن او از بین برود؟ با نزدیک شدن به پایان دوران حضورشان در آکادمی میهاما، آمنه، ماکینا، ساچی، یومیکو و میچیرو به یک نتیجه واحد می‌رسند. اینکه گروهی از دانش‌آموزان در مواجهه با کشورها و سازمان‌هایی بسیار بزرگ‌تر از آن چیزی که هر فردی می‌تواند امیدوار باشد چقدر می‌تواند انجام دهد، باید دید. در وهله اول، موقعیت یووجی بسیار پیچیده تر از آن است که هر یک از آنها تصور کنند، زیرا او خود را درگیر یک بازی پیچیده شطرنج فوق سیاسی می بیند که هم حول خودش می چرخد و هم یک سیستم جدید غیرقابل تصوری که در اعماق CIRS خوابیده است. سیستمی که یووجی ممکن است بیش از آنچه فکر می کند با آن ارتباط داشته باشد. با این حال، یک چیز قطعی است - دختران میهاما دیگر حاضر نیستند اجازه دهند جهان چیزهایی را از آنها بدزدد، بدون اینکه ابتدا حداقل کمی مقاومت کنند. و با کمک یک فرد مرموز که فقط به نام تاناتوس شناخته می شود، ممکن است به هدف خود برسند...
