درب Kingdom Hearts مهر و موم شد و ضربه ای به افراد بی عاطفه وارد کرد و دنیاها را به حالت عادی بازگرداند، اما ریکو و کینگ میکی در داخل آن گیر افتاده بودند! اکنون جستجوی سورا، دونالد و گوفی برای یافتن دوستانشان آنها را به قلعه اسرارآمیز فراموشی هدایت می کند، جایی که یک چهره کلاهدار به آنها می گوید: "چیزی پیش رو دارید که نیاز دارید، اما برای ادعای آن، باید چیز عزیزی را از دست بدهید." چه چیزی می تواند عزیزتر از خاطرات خود آنها باشد؟ و اعضای سایه سازمان سیزدهم با آنها چه می خواهند؟