این سریال موتوکو آراماکی اسرارآمیز را دنبال می‌کند که او تحقیقاتی را در مورد حادثه‌ای در یک کارخانه تولید اعضای بدن و عواقب آن انجام می‌دهد. او در حال فرار است تا آشفتگی را پاک کند و خود را در این فرآیند نجات دهد. در همین حال اعضای سابق بخش 9 در مورد Motoko تحقیق می کنند تا بفهمند او واقعاً کیست.
