دختری به نام کازومی از خواب بیدار می شود و متوجه می شود که او را ربوده و از خاطراتش خلع کرده اند. او توسط دو دختر که ادعا می کنند بهترین دوستان او هستند، اومیکا میساکی و کائورو ماکی نجات می یابد و او را به محل زندگی خود باز می گرداند. در حالی که کازومی در این مکان ناآشنا مستقر می شود، مورد حمله جادوگری قرار می گیرد و ناگهان به دختری جادویی تبدیل می شود! پس از کشف قدرت های او، دو هم اتاقی او به کازومی نشان می دهند که آنها نیز دخترانی جادویی هستند، هر سه آنها متعلق به گروهی به نام Pleiades Saints هستند که هدفشان مبارزه با جادوگران است. با شروع زندگی "جدید" کازومی، وقتی اتفاقات عجیب و غریب در شهر رخ می دهد، همه چیز حتی عجیب تر می شود. Mahou Shoujo Kazumi★Magica: The Innocent Malice کازومی را کشف می کند.