مامی توموئه دانش‌آموز کلاس نهم متوسطه شما نیست. در حالی که او مرتباً به مدرسه راهنمایی Mitakihara می رود، او همچنین به عنوان یک دختر جادویی کار می کند - دختری که در ازای قدرت های جادویی و وظیفه ای جدید برای جستجو و نابود کردن موجودات ماورایی معروف به جادوگران آرزویی کرده است. اما مامی در بین دختران جادویی نیز یک مورد خاص است - در حالی که بیشتر آنها به خاطر خودشان می جنگند، مامی ترجیح می دهد با دیگران کار کند و نگهبان عدالت می شود که هر موجود شیطانی را که بتواند پیدا کند، خواه یک جادوگر یا یک آشنا باشد، نابود می کند. همین عدم علاقه فداکارانه است که اغلب او را از سایر دختران جادویی دور می کند و در نتیجه مامی اغلب تنها است. در طی یکی از شکار جادوگران معمولی خود، او یک دختر جادویی تازه کار را پیدا می کند که با یک جادوگر قوی مبارزه می کند. بعد از اینکه مامی به او کمک کرد، دختر جادویی خود را کیوکو ساکورا از شهر کازامینو معرفی می کند. کیوکو تحت تاثیر مهارت و مهمان نوازی مامی، به سرعت درخواست می‌کند تا با او همکاری کند و شاگرد او شود. Mahou Shoujo Madoka★Magica: The Different Story که به عنوان اقتباسی از یکی از سی‌دی‌های درام انیمه پرطرفدار شروع می‌شود، داستانی از رابطه بین دو دختر جادویی است که از منظر دیگری نشان داده می‌شود.
