شینجی ایکاری، دانش‌آموز دبیرستانی که از یک زندگی آرام در نیو توکیو 3 لذت می‌برد، روزها را با گروه دوستان نزدیک خود متشکل از دوست دوران کودکی‌اش آسوکا لنگلی سوریو می‌گذراند. تنبل‌ها توجی سوزوهارا و کنسوکه آیدا. رئیس دانش آموز هیکاری هوراکی; و عجیب و غریب فصیح Kaworu Nagisa. با این حال، ورود دانشجوی انتقالی حباب‌آمیز، ری آیانامی، وضعیت موجود گروه را متزلزل می‌کند و باعث می‌شود شبکه‌ای از مثلث‌های عاشقانه، درهم شکستگی‌ها و اعتراف‌ها به وجود بیاید. با این حال، وضعیت پیچیده روابط آنها زمانی که آژانس سازمان ملل متحد NERV آنها را برای آزمایشات پوشیده از رمز و راز استخدام می کند، کمترین نگرانی آنها می شود. از آنجایی که NERV همچنان مانع زندگی دانش‌آموزان می‌شود، شینجی و دوستانش در مسیری غیرقابل بازگشت قرار می‌گیرند و روزهای فرشته‌ای خود را پشت سر گذاشته‌اند. بازگویی متناوب یک سری انیمه کلاسیک، Shinseiki Evangelion: Koutetsu no Girlfriend 2nd این شخصیت‌ها را به‌عنوان دانش‌آموزان عادی در دنیایی کاملاً متفاوت با دنیای ارائه‌شده در Neon Genesis Evangelion دوباره اختراع می‌کند.
