شینجی سایتو یک شوخی است که از زندگی در جزیره ایجیما متنفر است. خسته کننده است، کاری برای انجام دادن وجود ندارد، و او ترجیح می دهد از زندگی معمولی و روزمره خود رها شود. پس از یک حادثه که منجر به مشت زدن او به یکی از همکلاسی‌هایش می‌شود، مدرسه را ترک می‌کند و پیامی دریافت می‌کند که در صورت پاسخ دادن به پیام، تمام مشکلات او برطرف می‌شود و به او اجازه می‌دهد به یک «مرد نامرئی» تبدیل شود. او با این فکر که احتمالاً نمی تواند درست باشد، پاسخ می دهد و هیچ تغییری در خود نمی بیند. با این حال، روز بعد، همکلاسی که با او جنگید فراموش کرده است که شینجی مقصر بوده است. پس از آن است که دختری مرموز به نام میکی در برابر او ظاهر می شود - که فقط او می تواند او را ببیند - خود را به عنوان یک زن نامرئی معرفی می کند و اعتراف می کند که او مسئول متنی است که او دریافت کرده است. او فاش می کند که از خاطرات همه محو می شود و آنها نمی توانند او را ببینند، به او اجازه می دهد زندگی واقعاً آزاد داشته باشد. اما هنگامی که حتی بهترین دوستش، کانا سودگی، شروع به فراموش کردن او می کند، شینجی باید راهی برای رفع اشتباه خود بیابد تا با کسی که بیشتر از همه به او اهمیت می دهد متحد شود.
