همه در دنیا از اپلیکیشن های گوشی های هوشمند استفاده می کنند. اما در درون آنها موجودات ناشناخته ای به نام "Appli Monsters" یا "Appmon" نهفته است. Appmon شکل های زندگی هوش مصنوعی با توانایی تفکر و عمل است و در مرز بین دنیای انسان و فضای دیجیتال وجود دارد. در دریای وسیع اینترنت، "آخرین رئیس هوش مصنوعی" لویاتان با یک ویروس کنترل Appmon را در دست می گیرد و شروع به هک کردن همه سیستم ها می کند و بنابراین شروع به کنترل دنیای انسان از دنیای نت می کند. هارو شینکای به دست آوردن Appli Drive هدایت می شود و از آن برای تحقق Gatchmon، یک هیولای برنامه جستجو استفاده می کند.
