با ظهور قرن بیست و یکم، بسیاری از بشریت مرده بودند و توسط استاد جدیدی به نام گودزیلا زیر پا گذاشته شدند. تعداد معدودی از بشریت در یک کشتی فضایی به نام آراتروم در جستجوی "سرزمین موعود"، سیاره Tau-e که می تواند زندگی انسان را حفظ کند، به سمت ستاره ها رفتند. اما طرح مهاجرت با شکست مواجه می شود و بقایای نسل بشر تصمیم می گیرند به زمین بازگردند. اما اعوجاج فضا-زمان و مسافت طی شده به این معنی است که بشر حدود 20000 سال بعد به زمین کاملاً تغییر یافته باز می گردد. بازگشته ها به رهبری قهرمان هارو، بر اساس استراتژی که 20 سال از ساخت آن می گذرد، آماده می شوند تا نبرد را به گودزیلا ببرند. انسان ها با کمک دو گونه بیگانه، Exif و Bilusaludo، موفق می شوند گودزیلا را در نبردی پرهزینه تا حد مرگ شکست دهند.
اما پیروزی کوتاه مدت است. برخاسته از اعماق سیاره، نسل جدیدی از هیولاها به نام "زمین گودزیلا" وجود دارد. این موجود که به مدت 20000 سال در حال تکامل است، 300 متر ارتفاع دارد، بیش از 100000 تن وزن دارد و چنان قدرت ویرانگری دارد که هارو و همراهانش چاره ای جز فرار برای جان خود ندارند.
با این حال، میانا، یکی از اعضای یک قبیله بومی به نام هوتوآ، برای نجات هاروئو می آید. آنها اولین انسان های انسان نما هستند که عودت کنندگان با آنها روبرو شده اند. آیا آنها می توانند از نسل انسان باشند؟ مردم قبیله به هاروو می گویند: "خدای قبیله ما توسط گودزیلا نابود شد. تنها چیزی که برای ما باقی مانده همین تخم ها هستند. هرکسی که سعی در مبارزه یا مقاومت با او داشته باشد در آتش غرق شده است." برای بازیابی خانه ما."
در همین حال، فرمانده Bilusaludo، Galu-gu با خوشحالی متوجه می شود که نوک پیکان قبیله Houtua از یک نانو فلز یا یک فلز خود نگهدار ساخته شده است. این سلاح در قرن بیست و یکم به عنوان یک سلاح قاتل "ضد گودزیلا" توسعه داده شده بود که در نبرد تعیین کننده آنها در پای کوه فوجی به کار گرفته شد، اما قبل از اینکه بتواند به شکل "مکا-گودزیلا" فعال شود، نابود شده بود. " نانو فلز ماده پایه آن بود و دلیلی بر اینکه هنوز هم می توان از کارخانه تولیدی استفاده کرد.
