جادوگران برجسته Nanoha Takamachi، Fate Testarossa، و Hayate Yagami اکنون به عنوان پرسنل نظامی برای اداره زمان-فضا در سیاره Midchilda کار می کنند، و مطالعات خود را در ده سال گذشته پس از حادثه "کتاب تاریکی" به پایان رسانده اند.
یک روز، این سه در نهایت به اداره کمک می‌کنند تا به آتش‌سوزی شدید فرودگاه پاسخ دهد، اما تلاش‌های آنها ناشناخته مانده است. مجموعه‌ای از رویدادهای ناگوار هیات را تشویق می‌کند تا واحد نخبه Riot Force 6 را ایجاد کند که موارد مربوط به امنیت عمومی و همچنین اشیاء جادویی خطرناک معروف به Lost Logia را مدیریت می‌کند. در آنجا این سه نفر در کنار سربازان امیدوار کننده سوبارو ناکاجیما، تیانا لنستر، کارو رو لوشه و اریو موندیال کار می‌کنند که تمرینات سختی را برای برآورده کردن انتظارات و در عین حال غلبه بر موانع و دستیابی به اهداف شخصی تحمل می‌کنند.
با این حال، انجام ماموریت آنها ثابت می کند که یک مبارزه دائمی است. Riot Force 6 با مبارزه با دشمنانی که از Lost Logia سوء استفاده می کنند و با انتقاداتی از داخل دفتر مواجه می شوند، به سرعت خود را ضعیف می بیند.
