نانوها تاکاماچی، یک دانش‌آموز کلاس سوم معمولی که از گذراندن وقت با خانواده و دوستانش لذت می‌برد، یک موش خرما زخمی را که شب خوابش را دیده بود، نجات می‌دهد. روز بعد، فرت از طریق تله پاتی نزد او فریاد می زند و از نانوها می خواهد که او را نجات دهد. فرت خود را نشان می دهد که یونو اسکریا است، یک جادوگر از دنیای دیگری که در جستجو است 21 دانه جواهری خطرناک است که به طور تصادفی در سراسر جهان پراکنده است جمع آوری کند. او از Nanoha کمک می گیرد و عصای جادویی Raising Heart را به او هدیه می دهد و به او می دهد که چگونه به یک جادوگر تبدیل شود.
چند روز بعد، پس از بازیابی چند دانه جواهر، جادوگر دیگری ظاهر می شود: Fate Testarossa. سرنوشت قوی تر از نانوها، از افشای خود در تلاش برای جمع آوری دانه های جواهر خودداری می کند. نانوها در چشمانش غمگینی احساس می کند، اما سرنوشت از برقراری ارتباط امتناع می کند. Mahou Shoujo Lyrical Nanoha به کارگردانی Akiyuki Shinbo داستانی درباره برخورد با احساسات هنگام برخورد است.
