دکتر یونگ، دانشمند معمایی پوکمون، یک سیستم میراژ جدید ایجاد کرده است که از داده های کامپیوتری برای احیای پوکمون های منقرض شده مانند کابوتوپس و آرمالدو استفاده می کند. پروفسور اوک، اش و همراهانش به دعوت دکتر یونگ در عمارت میراژ حاضر می شوند و نمایشی از قابلیت های دستگاه را تماشا می کنند. در میانه نبرد بین میراژ پوکمون دکتر یونگ و آش، دستگاه خراب می شود و یک Mirage Aerodactyl وارد می شود و دکتر یونگ را می رباید. مردی که خود را "The Mirage Master" می نامد ظاهر می شود و به همه اعلام می کند که می توان از سیستم Mirage برای ایجاد پوکمون بدون هیچ نقطه ضعفی استفاده کرد. آش، میستی و پروفسور اوک برای متوقف کردن دیوانه و فرار با زندگی خود تلاش می کنند.
