مزدور Cloud Strife و متحدانش از حمله آخرالزمانی Sephiroth روان پریش جلوگیری کرده اند، اما تمدن بشری همچنان در حال فروپاشی است. علاوه بر این، هر یک از اعضای آوالانچ، گروه شورشی پیروز، با پوچی فزاینده و بی هدفی در واقعیت جدید خود دست و پنجه نرم می کنند. دوست دوران کودکی کلود، تیفا لاکهارت، که خود را مسئول از دست دادن زندگی های بیگناه می داند، ناامیدانه سعی می کند رابطه خود را با او حفظ کند. با این حال، بار همراهان مرده آنها منجر به شکاف فزاینده بین آنها می شود. در همین حال، بارت والاس و رد سیزدهم اکنون که تهدید سپیروث از بین رفته است، به دنبال جاه‌طلبی جدیدی می‌گردند و یوفی کیساراگی به کشور خود یعنی ووتای بازمی‌گردد تا به شهروندانش کمک کند تا با بیماری جدیدی به نام ژئوستیگما مبارزه کنند. اما جایی در جریان زندگی - انرژی معنوی جمعی جهان و همه کسانی که در سطح آن مرده اند - بقایای روح انتقام جویانه سپیروث در کمین است که نفرت آن نسبت به کلود و بقیه نژاد بشر را در خود جای داده است. و در حالی که روح یکی از عزیزان Cloud دشمنی فزاینده Sephiroth را زیر نظر دارد، نقشه انتقام شرور همچنان به تکمیل نزدیک‌تر می‌شود.
