بازرس زنیگاتا از پرونده لوپین حذف شده است که او را ناامید می کند و در نهایت با لوپین و جیگن مشروب می خورد. لوپین تصمیم می گیرد که او و گروهش باید با زنیگاتا همکاری کنند تا پرونده جدید او را حل کنند و گروهی از دلالان اسلحه به نام شات شل را بررسی کنند. لوپین شرکای خود (جیگن، گومون و فوجیکو) را دور هم جمع می کند و با زنگاتا یک زیردریایی روسی را می دزدند. آنها دانشمندی به نام کارن کورینسکی را می‌دزدند تا به آنها کمک کند تا زیرشاخه را اداره کنند و همچنین از او در برابر شلیک شلیک محافظت کنند. در همین حال ICPO مردی به نام کیث هایدن را به پرونده لوپین منصوب می کند و برخلاف زنیگاتا او می خواهد لوپین و گروهش مرده باشند. هرجا که لوپین و دوستانش بروند، کیت دنبال می‌شود، در حالی که افسر تلاش می‌کند آنها را یکی یکی از میان براند.
