علیرغم نابودی دنیای مکانیزه آندرومدا، امپراتوری ماشین هنوز در سراسر کهکشان جابجا شده و زمین به میدان جنگ تبدیل شده است. تتسورو هوشینو پس از بازگشت از سفر خود با قطار Galaxy Express 999 به مقاومت می‌پیوندد و در کنار دیگرانی که انسانیت خود را حفظ کرده‌اند می‌جنگد.
زمانی که 999 به زمین بازمی شود، تتسورو یک پیام مرموز ضبط شده از همراه سابقش ماتل دریافت می کند که به او می گوید یک بار دیگر سوار می شود. او در حال مبارزه برای رسیدن به ایستگاه‌های مگالوپولیس، همان‌طور که قطار حرکت می‌کند، به قطار می‌رود. با این، این بار، تتسورو با چند راز حال می شود: ماتل در جایی دیده نمی شود، یک «قطار ارواح» شوم ظاهر شده و مقصد نهایی 99 مشخص نیست. در میان همه این ها، تتسورو خود را با شوالیه سیاه مرموز فاوست می کند و به زودی تاریک ترین راز امپراتوری ماشین را کشف می کند.
