خلاصه
سه سال پس از اینکه شینجی ایکاری از برخورد سوم در نبرد در مقر NERV جلوگیری کرد، زمین بار دیگر در آرامش است. NERV تحت فرماندهی میساتو کاتسوراگی دوباره سازماندهی شده است و شینجی با کمک دوستانش آسوکا لنگلی سوریو و ری ایانامی تیم EVA را رهبری می کند. پیشرفت‌های فناوری سازمان را به ارتقای Evangelions خود سوق داده است و سه دستگاه سری 0.0 برای مراقبت از سیاره در مدار پایین زمین قرار گرفته‌اند. درست همانطور که NERV در آستانه ارتقای واحد شینجی Unit-01 Type-F است، یکی از Unit-0.0 از کنترل خارج می شود و در نزدیکی Tokyo-3 سقوط می کند. بلافاصله پس از آن، NERV توسط یک فرشته حامل مرموز مورد حمله قرار می گیرد - یک اوانجلیون تولید انبوه که به طرز عجیبی تغییر یافته است. اکنون بر عهده Shinji، Asuka و Rei است که این حمله را متوقف کرده و دشمن مرموز جدید خود را شناسایی کنند.
