«Wraiths» که برای انسان نامرئی است، موجوداتی هستند که از احساسات انسان تغذیه می کنند و هر کجا که می روند هرج و مرج ایجاد می کنند. دختران جادویی باید از قدرتی که به دست آورده‌اند در ازای برآورده شدن یک آرزو برای محافظت از انسان‌ها در برابر این خشم‌ها استفاده کنند. گروهی از دختران جادویی در Mitakihara تمام تلاش خود را برای ایمن نگه داشتن شهر می‌کنند، اما دو نفر از اعضای آنها، Sayaka Miki و Kyouko Sakura، به نظر نمی‌توانند با هم کنار بیایند. رهبر آنها، مامی توموئه، امیدوار است که آنها بتوانند به موقع با هم کار کنند، اما نگران است که مشاجرات آنها بر وظایف دختر جادویی آنها تأثیر بگذارد. به این گروه از دختران جادویی همورا آکمی می‌پیوندد که به تازگی به مدرسه راهنمایی Mitakihara منتقل شده است. اما همورا بیش از آنچه که اجازه می دهد در مورد دختران جادویی و همچنین حقیقتی که در پشت وضعیت فعلی دنیای آنها وجود دارد می داند.
