«اسباب‌بازی‌ها» قدرت‌هایی هستند که به کسانی که برای استفاده از آنها انتخاب شده‌اند اعطا می‌شوند، که هر کدام دارای ویژگی‌هایی هستند که برای کاربرانشان منحصر به فرد است. برخی از این افراد پاک متولد می شوند و از قدرت خود برای تبدیل شدن به کارآگاه استفاده می کنند. برخی دیگر پر از سم شکوفا می‌شوند و تصمیم می‌گیرند که دزد فانتوم شوند. این دو جناح متضاد باعث تشکیل آکادمی های مختلف کارآگاهی در سراسر جهان شدند - کارآگاهان را برای مبارزه و دستگیری دزدان فانتوم آموزش می دادند.
شرلوک شلینگفورد، نرو یوزوریزاکی، هرکول برتون، و کوردلیا گلوکا "میلکی هلمز" را تشکیل می دهند، گروهی که در آکادمی کارآگاه هلمز مستقر در یوکوهاما به عنوان کرم محصول شناخته می شود. با این حال، در یک درگیری علیه دزد فانتوم آرسن، اسباب بازی های آنها ناگهان ناپدید می شوند و آنها را برای ادامه کارآگاهی مناسب نمی دانند. آنها که از زندگی معتبر خود خلع شده و به یک اتاق زیر شیروانی مخروبه پرتاب می شوند، اگر نتوانند ظرف سه ماه آینده قدرت خود را به دست آورند، با اخراج روبرو می شوند.
Tantei Opera Milky Holmes داستان یک گروه افسانه‌ای را در سفر برای بازیابی اسباب‌بازی‌های خود و همچنین تلاش برای ادامه خط کار خود بدون قدرت‌هایی که زمانی حرفه‌شان را تعریف می‌کرد، روایت می‌کند.
